En un día luminoso y tranquilo, los hermanos Nunnally y Lelouch Lamperouge se toman un momento para relajarse bajo un árbol. Cuando Nunnally le pide que le cuente una historia, Lelouch, que está resuelto a hacer todo lo posible por su hermana, hace un uso único de su habilidad Geass, rompiendo barreras para contar la historia más entretenida que pueda.
Al despertarse sola bajo el árbol, Nunnally, que antes estaba ciega, descubre que puede ver de nuevo e inmediatamente divisa un extraño conejo que se parece a Anya Alstreim, la Caballero de los Seis. La visión de este conejo hace que Nunnally caiga por un agujero, llevándola a un colorido país de las maravillas. Narrado por el propio Lelouch, Code Geass: Hangyaku no Lelouch - Nunnally in Wonderland sigue a la perdida Nunnally en su búsqueda del camino de vuelta a casa, encontrándose por el camino con un montón de coloridos y familiares personajes.